L'abbazia benedettina di Parma, dedicata all'Evangelista san Giovanni, ha celebrato nel 1980 il Millenario della sua fondazione.
Secondo fonti autorevoli, verso il 980, il vescovo Sigifredo II, costruì «fuori ma presso le mura della Città» un piccolo monastero, che affidò ai figli di san Benedetto.
Primo abate del nuovo cenobio fu un canonico della vicina cattedrale, di nome Giovanni, venerato come santo e insieme con sant'Ilario di Poitiers, patrono della città. Il suo corpo è deposto nella chiesa, nella cappella del transetto, a destra entrando, dove un'iscrizione, in latino, dice: ”Corpo di san Giovanni, primo Abate di questo Monastero...», con la data dell'ultima traslazione: 13 maggio 1661.
Importante fu fin dal Medioevo la presenza di questo monastero all'interno della città, con la quale furono forti i legami sia di carattere caritativo-assistenziale, grazie all'organizzazione di ospedali, xenodochi e di una farmacia pubblica, sia di carattere culturale.
Il 7 luglio 1477, la comunità di San Giovanni entrava a far parte della Congregazione di Santa Giustina di Padova. Da questo movimento di riforma, i monaci trassero nuovo vigore per coraggiose trasformazioni sia nel campo spirituale che in quello materiale. Le grandi ricchezze accumulate nel corso dei secoli, permisero ai benedettini di attuare un vasto progetto innovativo. Fu abbattuto il vecchio angusto edificio, che un incendio, scoppiato in occasione dell'ennesima lotta tra signori locali, aveva già completamente distrutto, e nello stesso luogo si cominciò a fabbricare il nuovo, molto più ampio e condotto a termine nel 1510. San Giovanni divenne, insieme agli altri monasteri benedettini della città e in concordanza con le corti del contado, tra le più importanti sedi di elaborazione dell'umanesimo parmense e tra i più colti e raffinati committenti della produzione artistica rinascimentale.
La forma che la costruzione prese allora è quella attuale: una enorme croce latina sembra collegare da una parte all'altra dei suoi due bracci (il principale lungo m 151,80, largo m 65; quello trasversale m 64,35) un grande cortile detto del Trucco, per le stalle e tre chiostri; quello della Porta o di san Giovanni, che sul piazzale della chiesa; quello del Capitolo, o del Pozzo o di san Giovanni primo abate; quello Grande o di san Benedetto.
Il monastero dopo varie occupazioni e deturpazioni causate da truppe tedesche e francesi nel 1700 e dopo varie soppressioni nel 300 tornava a rifiorire nel 1920, quando all'abate di allora Emanuele Caronti, fu concesso dal Ministero della guerra di rioccupare con i suoi monaci i primi due chiostri. Il 26 ottobre dello stesso anno, la comunità benedettina, che si era stabilita a Torrechiara dal 1889, rientrava nell'antica sede, occupandola tutta nel 1945.
Nel XIX secolo si susseguirono tre soppressioni: nel 1812 l'intero monastero veniva venduto dal governo francese per 54.000 franchi e molti oggetti preziosi erano trafugati; una seconda nel 1849 per Decreto del duca Carlo I di Borbone; una terza il 18 marzo 1860 per annessione del Ducato agli Stati piemontesi, in forza della quale il monastero veniva nuovamente destinato a reparti militari.
Nel bombardamento di Parma del 1944 che colpì l'ala della Pilotta, dove aveva sede la Biblioteca palatina, molti libri frammischiati alle macerie ed esposti alle intemperie e alla cupidigia dei passanti, furono salvati dai monaci che li custodirono a San Giovanni. Per queste benemerenze, nel 1958 il Ministero della pubblica istruzione concedeva al monastero la “Medaglia d'oro al merito della cultura".

Uscendo dalla chiesa, a destra, vi è l’accesso ai chiostri. Il primo detto di San Giovanni o della Porta, con porticato a colonne ioniche e resti di affreschi del tardo Cinquecento, è l’ultimo in ordine cronologico (1537-1538). Ancora visibile sotto il tetto qualche traccia degli affreschi di Leonardo da Monchio e di Ercole Pio, datati 1579.
La fontana al centro è stata inaugurata il 17 ottobre 1589.
Il chiostro è collegato, grazie alla continuazione dell’anello perimetrale, a quello più antico detto del Capitolo (1500) sotto la cui loggia si apre, attraverso una porta a edicole e bifore riccamente scolpite da Antonio Ferrari d’Agrate, la sala capitolare.
Questa sala possiede sedili in legno con dossali intarsiati e il chiusino sepolcrale al centro della pavimentazione, di stile lombardo-veneto, ad arabeschi incisi su lastra di marmo bianco e riempiti di pastiglia nera, che deve ritenersi eseguito dai maestri d’Agrate nel primo decennio del Cinquecento. I sedili sono in noce intarsiata a intrecci geometrici, divisi in campi diversi da pilastrini e capitelli minuscoli e ben intagliati. Le modanature sono eseguite rigorosamente. Pare che sia uscito dall’officina di Bernardo Canoccio da Lendinara, abile artista, verso l’ultimo decennio del XV secolo.
Oltre agli affreschi del Correggio, staccati da dietro le cantorie del presbiterio, è da ammirare anche una bella copia della Deposizione del Correggio, tornata nel monastero nel 1993.
Dal chiostro del Capitolo per un ampio scalone a tre rampe si è nel grandioso corridoio di due bracci, incrociantisi sotto un cupolino centrale, illuminati grazie a una serie completa di finestroni, che fanno risplendere ogni angolo, e che danno accesso a una lunga serie di camere con gli stipiti delle porte in pietra arenaria. Un tempo era detto dormitorio. Il braccio più lungo di esso ha un primato nel suo genere, essendo lungo ben 151,80 metri.
Il terzo chiostro, detto di San Benedetto, è il più grande e risale al 1508-1512. La linea è molto elegante; il porticato è formato da trenta colonne; tra colonna e colonna ventisei tondini con figure di santi. In gran parte questo lavoro di Giovanni Battista Merano e Tommaso Aldovrandini (dal 1682 al 1687) è stato cancellato dalle intemperie.

Da qui si giunge nel refettorio dove si conserva la tela dell' Ultima cena (1562) del Bedoli, inquadrata in prospettive ad affresco realizzate probabilmente da Leonardo da Monchio.
Bella sala di vaste proporzioni (lunga metri 30, larga 10 e alta 12), completata nel 1498, riceve luce da otto grandi finestre. Per molti anni è servita come "palestra" ai soldati di stanza nella parte del monastero ridotta a caserma.
Di notevole interesse è la raccolta di stampe della Galleria delle stampe Emilio e Giulia Ferroni. Vi si trovano incisioni del Tocchi e di Scuola che riproducono la cupola del Duomo, quella di San Giovanni e affreschi del Parmigianino, dono del cav. ing. Emilio Ferroni in occasione del millenario dell'abbazia avvenuto nel 1980.
La galleria accoglie inoltre altre incisioni di vari soggetti religiosi da dipinti di artisti di gran fama.

Con l'ingresso all'esterno del monastero si accede alla Spezieria (o farmacia) di San Giovanni.
L'apertura di una spezieria, annessa al complesso abbaziale è documentata dal 1201, ma è probabile che essa esistesse già precedentemente e che in un primo tempo fosse destinata a uso interno del monastero divenendo solo successivamente pubblica.
L'ubicazione attuale risale ai primi decenni del Cinquecento, cioè all'epoca di ricostruzione del monastero al quale la spezieria rimase fino al 1766, quando, per decisione del ministro della Corte borbonica Du Tillot, fu secolarizzata e i locali che la ospitavano radicalmente mutati. Si conservano le decorazioni delle volte e gli arredi lignei tuttora presenti e risalenti alla fine del XVI secolo-inizi del XVII.
La prima sala detta del Fuoco per la presenza del camino, conserva i banchi per la vendita e le bilance ottocentesche, mentre negli scaffali in noce, originariamente laccati in chiaro, sono riposti vasi in ceramica e in legno databili al Seicento e all'Ottocento. Il medaglione della volta, alquanto deteriorato, raffigurante l'Assunzione della Vergine, è opera attribuita al parmense Innocenzo Martini (1551-1623).
Un'aquila lignea intagliata, simbolo del monastero, sovrasta l'accesso alla seconda sala detta dei Mortai, arredata con mobili tardo manieristi che conservano vasi in maiolica ceramica (secoli XVII e XIX) e mortai in marmo e bronzo sei e settecenteschi. Nelle lunette un ignoto pittore tardocinquecentesco raffigurò gli antichi Maestri della Medicina, mentre nel riquadro al centro è l'Apparizione della Santissima Trinità a san Giovanni.
La terza sala è detta delle Sirene per le cariatidi scolpite negli scaffali, intagliati con motivi manieristi da Alessandro Vandone nel 1606 e contenenti preziose pubblicazioni dei secoli XVI-XIX. Il quadro al di sopra del bancone con la Madonna, il Bambino e i santi Giovanni Evangelista e Benedetto è di provenienza veneziana e risale al 1595, mentre degli inizi del Seicento sono le lunette con le effigi dei medici parmensi.
Dalla prima sala si accede al laboratorio della spezieria, un piccolo locale dotato di pozzo in cui si conservano alambicchi, bottiglie e oggetti necessari per la preparazione dei farmaci.